Cinq années plus tard, les Monuments Historiques lui confiant de plus en plus de chantiers, il décide de former un jeune du village qui restera 28 ans à ses côtés. Le chantier de l'abbaye de Noirlac avec le peintre Jean Pierre Raynaud et l'arrivée de commandes plus nombreuses, le poussent à donner de l'ampleur à son atelier ; il accueille d'autres compagnons, des ouvriers déjà qualifiés ou en formation, notamment pour les restaurations des cathédrales de Bourges, Chartres, Lyon, Poitiers, La Rochelle... ainsi que de nombreux autres édifices de France.
Parallèlement, Jean Mauret poursuit un important travail de création et installe ses vitraux dans une centaine d'églises du pays, classées MH pour la plurpart. Il réalise enfin avec des peintres plusieurs grands chantiers dont la nef haute et la crypte de la cathédrale de Nevers avec Gottfried Honegger, la chapelle de la Funéraria de Perpignan avec Shirley Jaffe et l'ensemble des vitraux de la nef et des bas-côtés de la cathédrale de Blois avec Jan Dibbet's.
En 2006, Jean Mauret éprouve le besoin de se retrouver seul pour se consacrer uniquement à la création et prendre du recul par rapport à son travail. Il poursuit son activité dans la réalisation de vitraux sur commande tout en consacrant beaucoup de temps à une réflexion sur le rôle du vitrail et de l'art en général.